Vagner Silva assinou pelo Qarabag FK no dia seis de julho e cinco dias depois estreou-se na Champions League com uma baliza virgem frente ao Olimpija Ljubljana (1-0), no play-off de acesso à fase de grupos da competição.
Após o final do contrato com o Mouscron, o guarda-redes Brasileiro que esteve cedido ao Boavista FC de janeiro de 2017 a junho de 2018 encontrava-se livre, tendo sido contratado pelo clube do Azerbaijão três dias após a assinatura de Hannes Halldórsson. Contudo, foi o também ex-Estoril a assumir a baliza da equipa Azeri no jogo da prova-mor da UEFA com sucesso em duas defesas na primeira mão da primeira ronda de qualificação para a fase de grupos, depois de apenas quatro sessões de treino.
Recorde-se que em 2013/2014 e 2014/2015 assumiu a baliza do Estoril na Europa League em nove jogos.
