Francisco Lemos assinou pelo CD Mafra e ficará ligado ao clube até junho de 2028, após encerrar uma ligação de três temporadas ao Estoril.
Internacional sub-18 por três vezes pela FPF (também já chamado à categoria sub-21), o guarda-redes disputou a Liga 3 em 2023/2024, com presença em dezasseis jogos, por empréstimo do Estoril e já depois de duas épocas com quinze jogos pela equipa sub-23 dos Canarinhos.
Na sua formação, Francisco Lemos passou por cinco clubes: Sporting CP, SG Sacavenense, FC Alverca, Os Belenenses e CD Tondela.
